Los péptidos relacionados con Melanotan-II incluyen principalmente otros análogos de la hormona estimulante de los melanocitos-. Por ejemplo, Melanotan-I comparte una secuencia de aminoácidos similar con Melanotan-II pero difiere estructuralmente; exhibe una actividad relativamente menor y una estabilidad más pobre in vivo. Los estudios comparativos sobre la estructura y actividad de Melanotan-I y Melanotan-II ayudan a dilucidar los factores clave que influyen en la actividad y estabilidad de esta clase de péptidos, proporcionando una base teórica para una mayor optimización y desarrollo de nuevos análogos de la hormona estimulante de los melanocitos-.

Además, existen análogos peptídicos derivados de modificaciones en la estructura de Melanotan-II; Los científicos tienen como objetivo mejorar la actividad, mejorar la estabilidad o aumentar la especificidad de direccionamiento alterando secuencias de aminoácidos, modificando grupos funcionales o conjugando otras moléculas funcionales. Los ejemplos incluyen la incorporación de secuencias peptídicas-que penetran las células en Melanotan-II para facilitar una entrada y acción celular más efectiva, o la modificación química de aminoácidos específicos para extender la vida media-in vivo del péptido. La investigación de estos péptidos relacionados es importante para ampliar el alcance de las aplicaciones de Melanotan-II y desarrollar agentes terapéuticos más eficaces.